Perosak utama kacang botor adalah ulat pengorek lenggai (Maruca testulalis Geyer) dan kutu daun atau afid kacang (Aphis craccivora Koch). Larva ulat pengorek lengai menyerang pucuk, daun muda, bunga, lenggai menyebabkan bunga gugur dan lenggai berlubang. Manakala afid kacang menghisap cecair di bawah daun, pucuk, bunga dan lenggai menyebabkan pertumbuhan pokok terbantut.

Penyakit utama kacang botor adalah karat (false rust) (Synchytrium psophocorpi) dan bintik daun cercospora (Cercospora capsici).[4] Penyakit ini menyerang batang, daun dan lenggai. Kawasan serangan akan terhasil spora berwarna jingga cerah. Bintik mata burung pada daun kelihatan.

Selain itu, kacang botor boleh dijangkiti penyakit virus dan mikoplasma. Penyakit lain disebabkan oleh bakteria dan kulat. Satu cara untuk mengatasi penyakit adalah dengan menanam baka yang baik yang akan menghasilkan tanaman yang tahan lasak. Akarnya kerap diserang oleh nematod. Manakala daun mudah diserang pelbagai jenis ulat dan serangga.